Die Finanzierung von „Kirchen helfen Kirchen“ beruht zum größten Teil auf Mitteln aus den Mitgliedskirchen der Union Evangelischer Kirchen (UEK). Die Verteilung der Mittel erfolgt koordiniert und in Absprache mit der Mittelvergabe für „Brot für die Welt“, „Hoffnung für Osteuropa“ und dem Evangelischen Entwicklungsdienst (EED).
Finanzierungsbasis von „Kirchen helfen Kirchen“ waren von Anfang an im wesentlichen Kollekten- und Etatmittel der Landeskirchen – und hier besonders der Mitgliedskirchen der heutigen UEK. Die lutherischen Kirchen unterstützten – der historischen Aufteilung auf die zwei Säulen multilateraler Hilfe folgend – im Wesentlichen das Deutsche Nationalkomitee des Lutherischen Weltbundes (DNK).
Einzelne lutherische Landeskirchen sowie das DNK haben jedoch trotzdem immer wieder Beiträge beigesteuert, da „Kirchen helfen Kirchen“ auch bedürftige lutherische Kirchen fördert. Zudem sind lutherische Kirchen auch Teilnehmer der Runden Tische und Teil der geförderten ökumenischen Strukturen.
Auch die Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen in Deutschland (ACK) unterstützt „Kirchen helfen Kirchen“ regelmäßig, da das Programm sich weltweit für die Ökumene einsetzt.
Strukturen für koordinierte Mittelbewilligung
Die Mittelvergabe erfolgt über einen Bewilligungsausschuss in Abstimmung mit „Brot für die Welt“, „Hoffnung für Osteuropa“ und dem EED.
Da „Kirchen helfen Kirchen“ ökumenische Arbeit fördern möchte, wird ein Teil der Mittel ökumenischen Zusammenschlüssen wie dem Ökumenischen Rat der Kirchen (ÖRK) oder der Konferenz Europäischer Kirchen (KEK) zur Verfügung gestellt.